在一地兩檢安排下，乘客需要辦理的通關程序，基本上與現時在其他鐵路口岸（如羅湖及落馬洲支線管制站）相同，出境香港後隨即進行入境內地程序，反之亦然。
西九龍站設有五層：地面大堂；地下一層（Ｂ１）售票大堂；地下二層（Ｂ２）入境層（同時設有「香港口岸區」的入境設施及「內地口岸區」的離境設施）；地下三層（Ｂ３）離境層（同時設有「香港口岸區」的離境設施及「內地口岸區」的入境設施）；地下四層（Ｂ４）月台層。
北上內地的乘客進入西九龍站後：在Ｂ１層購票後入閘；直接前往Ｂ３離境層辦理香港出境程序，然後離開「香港口岸區」；進入同一層（Ｂ３）的「內地口岸區」，辦理內地入境程序；前往候車區間Ｂ３），適時前往Ｂ４月台層登車前往內地。
南下香港的乘客所乘搭的列車到達西九龍站後：在Ｂ４月台層下車；直接前往Ｂ２入境層辦理內地出境程序，然後離開「內地口岸區」；進入同一層（Ｂ２）的「香港口岸區」，辦理香港入境程序；離開西九龍站。
乘客在「內地口岸區」範圍時，須遵守內地法律。內地人員只可以在「內地口岸區」範圍內執行其職務，在香港特區其他地方沒有執法權。
《經濟通通訊社２５日專訊》
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